En el play off de ascenso, es eliminado por el Sporting Mahonés en la segunda eliminatoria, después de haber apeado al conjunto vasco del Elgoibar en la primera. En los play offs de ascenso, quedó emparejado con el filial del Deportivo de la Coruña, el Depor “B”, perdiendo la eliminatoria en el partido de vuelta en el estadio de Riazor en la tanda de penaltis; pero al haber acabado la liga como líder de grupo, al Burgos CF todavía se le concede otra oportunidad de ascenso en caso de ganar otras dos eliminatorias más. El club logra el ascenso como campeón de la categoría, y Kubala el récord porcentual histórico de victorias de un entrenador en el Málaga, con 60,61% de victorias en treinta y tres partidos. En la temporada 1999/2000, ofertas camisetas de futbol Félix Arnáiz Lucas dirige al equipo desde el comienzo de la temporada y el equipo acaba 3º con Roberto Peragón como estrella del equipo. En la siguiente temporada 2010/11, la tercera consecutiva del equipo tras el último descenso y con Carlos Tornadijo en el banquillo, el equipo comienza muy fuerte y pronto se pone líder; pero al comienzo de la segunda vuelta, el equipo empieza a encadenar una serie de resultados negativos que acaban con la destitución del entrenador buscando la directiva un revulsivo en la persona de Julio Bañuelos, quien enderezó el rumbo y consiguió proclamar al equipo nuevamente campeón del grupo VIII consiguiendo el octavo título de Tercera División.

Lucas consiguió dos ascensos consecutivos y logró subir al equipo hasta la Tercera División. Félix Arnáiz Lucas comienza la temporada en el banquillo manteniendo al equipo en la zona media pero a la directiva no le convence y es sustituido por el entrenador del filial por aquel entonces, Alberto González, que no consigue mejorar los resultados y acaba presentando la dimisión. Carlos Terrazas retorna al banquillo burgalés y se consigue hacer un equipo competitivo en pocos días. Para la temporada 1996/97 en Tercera División, se confía el banquillo al entrenador Martínez Lobato quien se encargaría de llevar al equipo hasta la Segunda División B en junio de 1997 en la localidad asturiana de Villaviciosa. Tras negociar con los jugadores impagados, el club consigue que retiren las denuncias y así poder competir en Tercera División. Juan Manuel Barroso, avisado por el presidente para que haga una plantilla lo más barata posible, empieza a fichar jugadores sin consultar con el entrenador y vienen futbolistas mediocres que la temporada anterior habían descendido con sus equipos a la Tercera División.

En la temporada 2009/10, el Burgos CF ganó su séptimo título de campeón de Tercera División. Pronto el equipo se pone líder del grupo VIII de la Tercera División y ya no lo soltaría hasta el final de liga, consiguiendo el noveno título de esta división en la historia del club. La temporada 2011/12 en Segunda División B fue nefasta para el club. Tras el descenso a Tercera División, el club estuvo a punto de descender a categorías regionales por impago a varios futbolistas. Y en 1959, el club sufrió un nuevo descenso a la Tercera División, trece años después de haber emigrado de la misma por última vez. En la primera de ellas, queda emparejado con otro filial, esta vez el del Almería, el Almería “B”, quedando nuevamente eliminado y quedándose una temporada más sin el premio del ascenso. En la décima jornada llegaría otra derrota, esta vez frente al Valencia CF por (1-3), con una sensacional actuación de Mustafi que hizo un doblete. Le sustituye al final de la temporada Raúl González que no evita el desastre y el club acaba descendiendo a la Tercera División en la última jornada tras un empate 1-1 en la Nueva Balastera ante el CF Palencia.

El broche de oro a la temporada llegó con el ascenso a Segunda División B tras eliminar a la UD Lanzarote en el play off de ascenso, en un Estadio Municipal de El Plantío que vibró con su equipo como hacía muchos años que no lo hacía. El ascenso llega gracias al recordado tanto de Dani Pendín contra el CD Orense en la jornada 5 de la liguilla, partido disputado en el Estadio Municipal de El Plantío. En la temporada 2003/04, ya en el grupo II, el equipo acaba en quinta posición y no consigue clasificarse para la fase de ascenso, cosa que sí conseguiría en la temporada 2004/05. Con Fede Castaños en el banquillo, el equipo es eliminado en la primera eliminatoria del play off de ascenso por el Conquense. El equipo acaba subcampeón del grupo II y en el play off de ascenso elimina al Alcoyano en los penaltis en la primera eliminatoria pero no puede hacer lo mismo en la segunda y definitiva eliminatoria ante el filial Sevilla Atlético, quedando eliminado el cuadro burgalés con un gol en la prórroga (1-0 gol de Lolo) en un partido disputado en el estadio Sánchez Pizjuán. Queda campeón del grupo II de la Segunda División B y en la liguilla de ascenso Sabadell, AD Ceuta y CD Ourense son los rivales.

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